Rusa baghal boleh dibahagikan kepada dua kumpulan utama: rusa keldai (sensu stricto) dan rusa ekor hitam. Kumpulan pertama merangkumi semua subspesies, kecuali O. h. columbianus dan O. h. sitkensis, yang berada dalam kumpulan rusa ekor hitam. Kedua-dua kumpulan utama telah dianggap sebagai spesies berasingan, tetapi mereka menghibridkan, dan hampir semua pihak berkuasa baru-baru ini menganggap rusa keldai dan rusa ekor hitam sebagai spesifik.[5][6][7][9][10] Rusa baghal nampaknya berkembang daripada rusa ekor hitam.[9] Walaupun begitu, mtDNA rusa ekor putih dan rusa keldai adalah serupa, tetapi berbeza daripada rusa ekor hitam.[9] Ini mungkin hasil daripada introgresi, walaupun kacukan antara rusa baghal dan rusa ekor putih jarang berlaku di alam liar (nampaknya lebih biasa di negara ini di Texas Barat), dan kadar kemandirian hibrid adalah rendah walaupun dalam kurungan.[8][9] Banyak dakwaan pemerhatian kacukan liar adalah tidak sah, kerana pengenalan berdasarkan ciri luaran adalah rumit.[8]